Ở một thế giới song song với thế giới của Fate/Stay Night, chén thánh ở Fuyuki đã bị lấy trộm trong trận chiến chén thánh thứ 3. Đầu năm 2000, thời điểm đáng lẽ sẽ xảy ra cuộc chiến chén thánh thứ 5, một gia tộc mang tên gọi Yggdmilennia đã công khai việc đánh cắp chén thánh, đồng thời tách rời khỏi Hiệp hội pháp sư. Để đoạt lại Chén Thánh, Hiệp hội pháp sư đã cử đi các thành viên tinh nhuệ nhất của mình nhưng tất cả đều bị sát hại bởi Servant Lancer của nhà Yggdmilennia. Tuy nhiên, người sống sót cuối cùng trong đó đã kịp thời kích hoạt cơ chế dự phòng của Đại chén thánh. Với mục đích ngăn chặn sự hợp tác giữa các Servant, 7 Servant khác đã được tham gia vào cuộc chiến, mở màn cho trận đại chiến giữa hai phe Yggdmillenia và Hiệp hội pháp sư